Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ quy định về doanh nghiệp khoa học và công nghệ (KHCN) quy định:

“1. Thu nhập của doanh nghiệp khoa học và công nghệ từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo”.

Điểm e khoản 2 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) số 67/2025/QH15 quy định:

“e) ... doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định của Luật Khoa học, công nghệvà đổi mới sáng tạo” thuộc ngành, nghề ưu đãi thuế TNDN.

Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 13 và khoản 1 Điều 14 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 thì doanh nghiệp KHCN theo quy định của Luật KHCN và đổi mới sáng tạo được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo. Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian bắt đầu tính miễn thuế, giảm thuế thực hiện theo quy định tại khoản 7 Điều 13 và khoản 4 Điều 14 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 (được sửa đổi, bổ sung bởi điểm e và điểm h khoản 7 Điều 25 Luật Công nghệ cao số 133/2025/QH15).

Điều 39 Luật KHCN và đổi mới sáng tạo số 93/2025/QH15 quy định:

“Điều 39. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ

1. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ là doanh nghiệp thực hiện hoạt động nghiên cứu, phát triển, chuyển giao, đổi mới công nghệ, có năng lực hấp thụ, làm chủ công nghệ và mang lại hiệu quả về kinh tế, xã hội, môi trường.

2. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được ưu tiên thuê đất, cơ sở hạ tầng tại khu công nghiệp, khu chế xuất, khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung; ưu tiên sử dụng trang thiết bị nghiên cứu, phát triển tại phòng thí nghiệm dùng chung, cơ sở ươm tạo, trung tâm đổi mới sáng tạo; được hỗ trợ thông tin, truyền thông, xúc tiến thương mại.

3. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ có trách nhiệm cung cấp thông tin về tình hình hoạt động và kết quả thụ hưởng chính sách hỗ trợ phục vụ quản lý nhà nước.

4. Chính phủ quy định chi tiết Điều này; quy định điều kiện, trình tự, thủ tục, thẩm quyền chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ”.

Điều 47, 48 và 49 Nghị định số 268/2025/NĐ-CP ngày 14/10/2025 của Chính phủ quy định cụ thể về Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN, thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN và điều kiện cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN, trong đó so với quy định trước đây tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ (Điều 5, Điều 6) thì thẩm quyền cấp Giấy và điều kiện để doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN đã có sự thay đổi (thẩm quyền cấp Giấy là UBND cấp tỉnh thay vì Sở KHCN và điều kiện cấp Giấy tại Nghị định số 268/2025/NĐ-CP cũng yêu cầu thêm về chi cho hoạt động nghiên cứu và phát triển và nhân lực hoạt động khoa học công nghệ).

Tại Điều 53 Nghị định số 268/2025/NĐ-CP quy định:

“Điều 53. Thu hồi, hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ

1. Định kỳ 03 năm kể từ ngày cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, cơ quan có thẩm quyền tổ chức kiểm tra, đánh giá việc chấp hành các điều kiện quy định tại Điều 49 Nghị định này để xem xét việc duy trì hiệu lực Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Cơ quan có thẩm quyền quy định tại Điều 48 Nghị định này thông báo cho doanh nghiệp và quyết định thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ trong các trường hợp sau:

a) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ giải thể, phá sản, thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp theo quy định của pháp luật;

b) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ không thực hiện chế độ báo cáo trong 03 năm liên tiếp theo quy định;

c) Doanh nghiệp không còn quyền sở hữu hoặc sử dụng hợp pháp công nghệ, kết quả nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo;

d) Doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện quy định tại Điều 49 Nghị định này trong 03 năm liên tiếp.

Trường hợp bị thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, doanh nghiệp không tiếp tục được hưởng những chính sách ưu đãi, hỗ trợ của Nhà nước đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ”.

Tại khoản 1 Điều 68 Nghị định số 268/2025/NĐ-CP quy định:

“1. Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ đang trong thời gian hưởng các ưu đãi, hỗ trợ, kể cả trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận nhưng chưa được hưởng ưu đãi theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật trước thời điểm Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi, hỗ trợ cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản đó. Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại Nghị định này thì thực hiện thủ tục cấp thay đổi Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ và được hưởng các ưu đãi, hỗ trợ theo quy định của Nghị định này cho thời gian còn lại. Trường hợp doanh nghiệp chỉ thực hiện cấp thay đổi nội dung, cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ nhưng không đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định tại Nghị định này thì chỉ được cấp thay đổi nội dung, cấp lại Giấy chứng nhận, tiếp tục được hưởng các ưu đãi, hỗ trợ cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản trước thời điểm Nghị định này có hiệu lực”.

Đề nghị độc giả căn cứ vào các quy định nêu trên của pháp luật về thuế TNDN trong từng thời kỳ và hồ sơ thực tế để thực hiện theo quy định. Trường hợp có vướng mắc, đề nghị độc giả liên hệ với cơ quan quản lý thuế trực tiếp dựa trên hồ sơ cụ thể và tình hình thực tế để được hướng dẫn thực hiện theo quy định.